Säsong 2.

Jordalliansen, har ansvaret för stationen och den omgivande Rymden. Dess president dödades nyligen i en "oavsiktlig" explosion. Det ser ut som om hans efterträdare har fört in regeringen i en ondskefull riktning. President Clark är lierad med med Psi-Corps, en organisation som är ansvariga för sökandet och träningen av mänskliga telepater; alltmer verkar det som om Corps blandar sig i Jordens politik, och följer sin egen agenda. Bevis på att den förre presidentens död inte varit en olycka tas inte på allvar. Babylon 5s första befälhavare Sinclair, blev förflyttad från sin post och skickades till Minbaris hemvärld. Den nya befälhavaren Kapten Sheridan, har ett svårt jobb framför sig; att bibehålla freden har aldrig varit svårare.

Den Minbariska Federationen har fortsatt med att visa sitt intresse och vänskap med människorna. Under det senaste året, har ett fåtal upptäckt varför: den Minbariska religiösa kasten tror att en del människor har fått reinkarnerade Minbariska själar, en upptäckt dom gjorde när dom var ytterst nära en seger över Jorden elva år tidigare. Det abrupta slutet på kriget; Minbari har en strikt moral kod mot att döda deras egna.

Den Centauriska Republiken, som sedan länge ansågs bestå av ett dalande imperium, verkar vara på väg uppåt igen, tack vare en överenskommelse, som Ambassadör Londo Mollari träffat med en mystisk ras han knappt vet någonting om. Republiken är fylld av politiska intriger.

Narner, en reptilliknande ras, har byggt upp sin militär. Och det ser ut som om deras förberedelser kan löna sig, då Centauri har blivit aggressiva igen och det kan bli fler konflikter framöver. Det är endast Narns Ambassadör G'Kar som tror att det är någon annan som är ansvarig för att Centauris militär visar upp sina muskler och att fler raser är i fara.

Även om det Vorlonska Imperiet har haft en representant på Babylon 5 i 1½ år, vet man nästan ingenting om hans ras. Ambassadör Kosh verkar ha blivit intresserad av Kapten Sheridan, men Kosh interesse i människor är fortfarande höljt i dunkel. Vorlonerna är en extremt mäktig ras.

Shadows är en stark och mörk stormakt som är ointresserade av att bli upptäckta. Endast de som är uppmärksamma för spådomar misstänker att dom återvänt efter 1.000 år av tystnad. Genom deras agent Morden har dom erbjudit sig att hjälpa Londo med att återupprätta det Centauriska Imperiets ära... men det är säkert bara ett steg i deras större planer.

Mycket har blivit beslutats sedan Babylon 5 kom igång, men många fler mysterier och problem finns kvar. Vilka är Shadows, och vad är det dom vill? Vad är det som händer hemma på Jorden, där en ny administration verkar hålla på och spela ett farligt spel? Hur kommer Londo att ta itu med sin nyfunna makt, när han aggressivt rör sig för att återta den Centauriska Republikens gamla ära? Babylon 4 dyker kort upp igen, i den process av att bli framknuffad i tiden av en framtida version av Kapten Sinclair för att användas som en operationsbas i ett stort krig; när kommer det att hända, och hur kommer det att sluta?